Sites de terceiros que disponibilizam gerenciadores de downloads não só lhe oferecem o programa desejado, mas também vários outros programas que vão embutidos e na maioria das vezes sem o seu consentimento. Estas empresas se mantêm firme no ar justamente pela venda de anúncios. Infelizmente, esses programas acabam danificando seu computador, pois instalam outro Antivírus que acaba causando conflito com o que você já tem instalado, modificam a página inicial dos navegadores, instalam extensões que modificam o mecanismo de pesquisa, criam atalhos, lhe oferecem produtos de outros sites com base nos que você tem pesquisado, abrem janelas indesejadas, desativam a proteção de arquivos, etc. Na maioria das vezes você realmente terá que formatar seu computador novamente, pois mesmo removendo-os, eles já têm feito algum tipo de "estrago" no sistema operacional.

E como devo saber a origem do Arquivo que pretendo baixar?

Você deve observar o link de origem do arquivo, por exemplo:
Vamos supor que você deseja baixar o Winzip, que é um programa para compactar arquivos. O site oficial do programa é: www.winzip.com e não winzip.baixeagora.com.br ou baixeagora.com.br/winzip. Então, para baixar com segurança entre diretamente no site www.winzip.com.

O Arquivo baixado do site oficial está limpo?

Nem sempre! Antes de instalar, faça uma verificação do arquivo com o seu Antivírus atualizado e se nada for detectado pode prosseguir com a instalação. Lembrando que, alguns programas freewares (gratuitos) mesmo sendo baixado de seu site oficial, ainda assim podem conter outros programas embutidos, para isso desmarque as opções de aceitação de instalação destes programas antes de prosseguir com a instalação.